Metodika 7 krokov je jednoduchým, ale účinným nástrojom k tomu, aby sa zo školy stala skutočná Zelená škola. Táto metodika je spoločná pre všetky krajiny a školy, ktoré sú zapojené do programu Zelená škola.

1) Vytvorenie Kolégia Zelenej školy

Ako prvý krok musí škola vytvoriť Kolégium Zelenej školy, to bude následne organizovať a riadiť aktivity projektu na škole. Malo byť pozostávať zo zástupcov skupín zainteresovaných na životnom prostredí v lokalite školy, predovšetkým zo žiakov, učiteľov, nepedagogického personálu, rodičov, zástupcov zriaďovateľa alebo školského úradu. Hlavnú rolu by v Kolégiu mali mať žiaci a študenti. Výsledkom tohto procesu je zmysel pre demokraciu a podpora motivácie u študentov preberať iniciatívu v rozhodovaní.

2) Environmentálny audit školy

Analýza dopadov školy na životné prostredie - environmentálny audit je jedným z hlavných krokov, ktoré škola musí uskutočniť, aby mohla byť naštartovaná zmena k lepšiemu - teda šetrnejšej prevádzke. Členovia kolégia školy musia zistiť, zaznamenať a zhodnotiť súčasný stav. Dôležité je, aby sa na audite čo najväčšou mierou podieľali samotní žiaci.

3) Environmentálny akčný plán školy

Na základe zistených skutočností v environmentálnom audite školy stanoví Kolégium Zelenej školy priority a vyberie pre aktivity školy v aktuálnom ročníku najmenej jednu z výberových tém (voda, odpad, energia, doprava a ovzdušie, zelené obstarávanie, zeleň a ochrana prírody). Kolégium Zelenej školy v spolupráci s vedením školy a so zriaďovateľom vypracuje Environmentálny akčný plán školy s uvedením riešenej položky environmentálneho auditu, popisom opatrenia/aktivity a s uvedením termínu realizácie a zodpovednej osoby/osôb.

Hlavným cieľom pri zostavovaní plánu je ekologizácia školy a zlepšenie jej prostredia a okolia. Úlohy by mali byť navrhnuté tak, aby za ne mohli zodpovedať predovšetkým žiaci.

4) Monitoring a hodnotenie

Proces monitorovania a vyhodnocovania výsledkov dáva programu Zelená škola dôveryhodnosť. Kladie dôraz na priebežnú kontrolu, či škola v programe postupuje smerom k vytýčeným cieľom a či sa plány napĺňajú. Dôležité je myslieť na vyhodnocovanie výsledkov už pri plánovaní aktivít. Tento krok zabezpečuje tiež, že environmentálne vzdelávanie a starostlivosť o prevádzku školy sú kontinuálne.

5) Environmentálny Školský vzdelávací program

Environmentálna výchova ako prierezová téma zasahuje do všetkých predmetov a je súčasťou učebných osnov. Zelené školy majú implementáciu prierezovej témy podrobne rozpracovanú v svojom Školskom vzdelávacom programe a to z hľadiska obsahu aj výučbových foriem.

Program Zelená škola je založený na princípe, že témy environmentálnej výchovy, ktorým sa žiaci venujú vo výuke by mali ovplyvňovať celkové fungovanie školy. Vďaka tejto náväznosti konkrétnych činností na teoretické štúdium prestáva byť environmentálna výchova niečím o čom sa žiaci v škole síce učia, ale skoro na to zase zabudnú.

6) Informovanie a zapájanie širšej školskej komunity

Kolégium Zelenej školy by sa malo neustále snažiť informovať o programe a svojich zámeroch vo vnútri školy, ale aj navonok. K tomuto účelu sa dajú využiť nástenky, školský časopis alebo internetová stránka školy. Najlepšie sa školy zviditeľnia ak zorganizujú výstavu, deň otvorených dverí alebo napíšu do miestneho či regionálneho média.
Všetky tieto aktivity môžu škole pomôcť pri naväzovaní spolupráce s rodičmi, či možnými podporovateľmi. Školám sa odporúča tvoriť partnerstvá s externými organizáciami a čerpať z ich skúseností a expertízy.

7) Eko-kódex

Každá Zelená škola vytvorí svoj vlastný Eko-kódex. Ide o společné vyznanie hodnôt a návod k ohľaduplnému správaniu sa k životnému prostrediu pre každého kto navštevuje školu. Eko-kódex by mal byť výsledkom vyjednávania čo najviac žiakov a zamestnancov školy. Môže ísť o súhrn konkrétnych činností a zásad, na ktorých sa všetci dohodli.